图形化功能

1. 前言

• 在图形化界面出现的可选中的单元（Atom、Residue、Chain等等），下文均统称Object。

• Object的分类为：

  • Protein，其下级为：Chain → Residue → Atom。

  • Ligand。

  • Solvant，包括Water和Other Solvant。

  • Metal、Ions。

  • Pocket，均为长方体。

  • Surface。

• 单个Object或者其集合，称为Entry，并且一次为最小单元出现在Entry List中。

2. File

Import Structure

• 通用工具栏Menu → File → Import Structure。

• 选择文件Select Files：

  • 蛋白：.pdb。

  • 配体：.sdf和.mol。

  • 支持复选。

• Show in the 3D Workspace：可以选择是否在3D Workspace里面展示。

  • 如果不勾选，也会以文件层级展示在Entry List中。

• Replace Workspace：可以选择是否替换当前3D Workspace里面的Objects。

  • 如果勾选，原Entry List的Objects不会消失，只不过会全部变为Hide状态（隐藏，不展示，不出现在Structure Hierarchy和3D Workspace中）。

Get PDB

• 通用工具栏Menu → File → Get PDB。

• 输入对应PDB ID即可。

3. Entry List

• 以层级方式展示Entry的窗口。

  • 用户在本项目中，最关注的Objects，均在此展示。

  • Object进入Entry List的操作包括：Import Structure/Get PDB、通过各种Function导入和将3D Workspace中最需要的关注的Object手动添加进入。

• 在Entry List中处于Show的Objects，则显示于Structure Hierarchy和3D Workspace窗口中。

• Entry List中支持对Object的操作：

操作名称	启动方式	操作前	操作后	备注
复选	按住Ctrl/Command 鼠标连点Object 或 按住Shift，鼠标点击起点 按住Shift，鼠标点击终点
拖动	鼠标选中对应Object 按住鼠标进行拖动 到目标位置松开
重命名	鼠标双击对应Object
Split Into Ligands, Water and Other	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Split Into Ligands, Water and Other
Duplicate	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Duplicate
Delete	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Delete
Group	复选至对应Object 右键，选择Group
Ungroup	鼠标悬停至对应Group 右键，选择Ungroup

4. Structure Hierarchy

• 以文件层级方式展示3D Workspace中的一切Object，且自动支持展开到Atom层级

• 通过3D Workspace中添加的Measure（Distance、Angle、Dihedral）、Label、Surface也可以在Hierarchy中选中并操作

• Structure Hierarchy中的Object支持复选，不支持拖动

• Structure Hierarchy中支持对Object的操作：

操作名称	启动方式	操作前	操作后	备注
Copy to New Entry	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Copy to New Entry
Extract to New Entry	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Extract to New Entry
Delete	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Delete
Invert	鼠标悬停至对应Object 右键，选择Invert

5. 3D Workspace

• 在Entry中处于show状态的Objects，以3D图形的形式在3D Workspace中呈现，是Hermite平台最重要的工作窗口。

• 全Objects和Structure Hierarchy一一联动。

• 3D Workspace顶端工具条：

操作名称	图标	效果	备注
Pick Level
Select Proteins
Select Ligands
Select Solvents
Expand			选中Ligand，再通过Expand选中周围10Å的Object
Measure
Interaction			分子间相互作用
			分子内相互作用
Label
Surface			示例为图片左上角，针对配体生成了Surface
Ribbon
Line
Stick
Ball & Stick
CPK
Setting			蛋白着色，根据Residue、Chain、Hydrophobicity、Sencondary Structure、Antibody Structure进行设置； 配体着色，根据Element、Atom Charge进行设置； 表面着色，根据Residue、Chain、Hydrophobicity、Atom Charge、Solvent Accesibility进行设置； Transparent：设置Surface的透明度。

• 3D Workspace侧边工具条：

操作名称	图标	操作前	操作后	备注
Zoom In
Zoom Out
Reset
Focus
Save as .png		——	——	保存图片
Refresh		——	——	刷新
Label				暂时关闭，再次点击即开启
Measure				暂时关闭，再次点击即开启
Interaction				暂时关闭，再次点击即开启
Ribbon				暂时关闭，再次点击即开启
Surface				暂时关闭，再次点击即开启

6. Sequence Viewer

• 和3D中的序列完全联动，选择该窗口内的氨基酸，3D中也会同样显示。