跳到主要内容

Maximum Common Substructure

导言​

最大公共子结构是指两个或多个化合物之间所共有的最大子结构片段，可以应用在相同骨架搜索、分子库分析、寻找药效团等场景中。最大公共子结构方法通过确定两种化合物结构上的共同特征来产生化学上更有意义的搜索结果，是识别具有很大尺寸差异的化合物的局部结构相似性和化合物间相似性的最有效的方法。

Hermite平台的Maximum Common Substructure模块提供了基于化合物片段SMILES表示的最大公共子结构搜索功能，借助于Hermite简洁的操作界面，您可以方便、快速准确地搜索出化合物之间的最大公共子结构。

本教程基于Hermite平台的Maximum Common Substructure模块对如下文件中的508个化合物进行最大公共子结构的计算。

pyridazine.smi

1. 使用方法​

1.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Function → Molecule Recommendation → Maximum Common Substructure。

import_structure

  • 右侧出现Maximum Common Substructure的操作框（红框内所示），整体界面如下：

import_structure

1.2 上传分子数据集​

Select File​

  • 点击“Select File”选框 → 从本地文件夹中选择文件（pyridazine.smi）并上传。

import_structure

1.3 设置及提交任务​

  • Ligand Filter处不进行设置。

  • Job Name将该任务命名为“Pyridazine——MCS”。

  • 点击“Submite”提交任务。

import_structure

2. 结果展示​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏“Job” → 找到任务“Pyridazine——MCS” → 点击Operation列中的“Show”查看该任务的结果。

import_structure

2.2 结果展示​

  • 弹出2D Workspace窗口，展示计算出的最大公共子结构。

  • 如图所示，这508个化合物的最大公共子结构为哒嗪 (Pyridazine)。

import_structure