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Sequence Alignment

导言​

序列比对是一种将两个或更多的生物学序列（蛋白序列、核苷酸序列）进行比较的方法，可帮助我们了解这些序列之间的相似性，以及在进化过程中它们如何发生变化。

在本教程中您将学习使用Hermite®平台的Sequence Alignment模块，进行多序列比对。本教程的例子来自人类，小鼠和山羊三种生物体的血红蛋白亚基（Hemoglobin subunit）序列，对它们进行序列比对，可以分析血红蛋白基因在生物进化进程中的保守位点，不同氨基酸类型的进化保守度，整体序列相似度等。

注：目前此功能仅支持氨基酸序列的比对。


此教程中使用的输入序列：

>sp |P69905| HBA_HUMAN Hemoglobin subunit alpha OS=Homo sapiens GN=HBA1 PE=1 SV=2
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR|


>sp |P01942| HBA_MOUSE Hemoglobin subunit alpha OS=Mus musculus GN=Hba PE=1 SV=2
MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKGHGKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR|


>sp |P13786| HBAZ_CAPHI Hemoglobin subunit zeta OS=Capra hircus GN=HBZ1 PE=3 SV=2
MSLTRTERTIILSLWSKISTQADVIGTETLERLFSCYPQAKTYFPHFDLHSGSAQLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDNVTSALSKLSELHAYVLRVDPVNFKFLSHCLLVTLASHFPADFTADAHAAWDKFLSIVSGVLTEKYR|


此教程中使用的输入序列文件：

Hemoglobin subunit.txt


1. 创建任务​

1.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu → Function → Biomacromolecule → Sequence Alignment。

import_structure

  • 右侧出现Sequence Alignment的操作框（红框内所示），整体界面如下：

import_structure

1.2 操作​

  • Import Sequence：输入序列，可以选择直接输入序列或者上传序列文件的方式，此教程选择直接输入序列，输入结果如图所示：

import_structure

  • 在Job Name处对该任务命名为：Sequence Alignment。

  • 点击Submit提交任务。


2. 结果分析​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu Job → Job List 找到该任务，点击Operation列中的Show按钮显示该任务结果。

import_structure

2.2 操作​

2.2.1 结果展示​

  • 该结果界面如图所示：

import_structure

2.2.2 结果说明​

  • Similarity行蓝色深浅表示序列的保守度，可以分析不同结构域的进化保守性。

  • 通过勾选Hydrophobic、Polar Uncharged、Positively Charged、Negatively Charged、Special, 可以在序列中标注出不同类型的氨基酸，通过对比分析，发现该基因中疏水性氨基酸的进化保守性最高（绿色标识残基）。

import_structure

  • 点击Download .fasta File按钮，下载经过序列比对后的.fasta格式文件，可用于进一步分析。

import_structure