蛋白及配体选择、口袋设置
1. 蛋白选择方式
Docking、MM PB/GBSA模块不包含“Get PDB”。
| 蛋白导入方式 | 图标 | 操作方式 | 界面展示 | 注 |
| Select from 3D |
| 点击“3D”按钮，从3D Workspace/Structure Hierarchy中选择蛋白 |
| —— |
| Select from Project |
| 点击“From Project”按钮，从历史项目中选中蛋白 |
| 可通过 Search Name/ID 按文件名称和ID搜索文件，支持限定类型（Type）选择蛋白文件。 |
| Select File |
| 点击“From File”，从外部文件中上传蛋白 |
| 支持直接上传.pdb文件获取蛋白 |
| Get PDB |
| 以PDB号索引并上传蛋白文件 |
|
2. 配体选择方式
Ligand preparation、MM PB/GBSA模块不含“Select from Database”，Docking、MM PB/GBSA模块不含“Select from SMILES”。
| 配体选择方式 | 图标 | 操作方式 | 界面展示 | 注 |
| Select from 3D |
| 点击“3D”按钮，从3D Workspace/Structure Hierarchy中选择配体 |
| —— |
| Select from Project |
| 点击“Project”按钮，从历史项目中选择配体 |
| 可通过 Search Name/ID 按文件名称和ID搜索文件，支持调整类型（Type）选择配体文件 |
| Select from Database |
| 点击“ Database”按钮，从弹出的“Select Ligands”界面选中所需分子数据集 |
| 提供超过2200万可采买分子库进行筛选，数据库具体描述见下方表格。 |
| Select File |
| 点击“File”按钮，从外部文件中上传配体 |
| 支持直接上传.sdf/.mol/.smi文件获取配体 |
| Select from SMILES |
| 点击“SMILES”，输入SMILES分子式 |
| 上限为1万个SMILES |
Select from Database
| ID | 数据集 | 描述 |
| 1 | Alinda（1M） | 源自俄罗斯的化合物品牌，专业从事新型筛选化合物的生产与销售 |
| 2 | Analyticon（62K） | 源自德国的天然产物品牌，专注天然产物提取及类似物合成工作 |
| 3 | Aronis (34K) | 源自俄罗斯的化合物品牌，拥有20多年的化合物供应经验，库存量充足，性价比高 |
| 4 | Asinex (987K) | 源自美国的品牌，20多年来致力于类先导化合物及分子砌块的研发供应 |
| 5 | Bionet (119K) | 源自英国的品牌，拥有20多年的有机合成经验 |
| 6 | Chembridge (3M) | 源自美国的化合物品牌，拥有多样性库、大环库等多种热门化合物库 |
| 7 | Chemdiv (2M) | 全球最大的化合物品牌之一，拥有5000多种化合物骨架结构和100多种化合物库 |
| 8 | Enamine (4M) | 源自乌克兰的化合物品牌，化合物研发能力较强，有高性价比化合物和高价值化合物两类产品 |
| 9 | Eximed (81K) | 源自乌克兰的化合物品牌，近20年来致力于提供高通量筛选化合物及相关服务 |
| 10 | HTS_Biochemie_Innovationen (88K) | 源自德国的化合物品牌，致力于为制药、农业和生物技术公司开发独特的化合物 |
| 11 | IBS (705K) | InterBioScreen，源自俄罗斯的化合物品牌，拥有多种天然产物及衍生物 |
| 12 | Lifechemicals (796K) | 源自加拿大的化合物品牌，拥有2900多种化合物骨架结构，化合物规格较齐全 |
| 13 | Maybridge (68K) | 源自英国的化合物品牌，Thermofisher旗下，产品数量少而专，每种产品均有较大库存 |
| 14 | MCE (469K) | MedChemExpress |
| 15 | Otava (409K) | 源自加拿大的化合物品牌，专门从事特色化合物、生物化学制品和生物分析试剂的开发和生产 |
| 16 | Princeton (2M) | 源自美国的化合物品牌，20多年来设计独特的小分子化合物用于药物研发 |
| 17 | Specs (284K) | 源自荷兰的化合物品牌，价格优势明显 |
| 18 | Targetmol (20K) | 优势产品为已知活性化合物和天然产物，性价比高 |
| 19 | UkrOrgSynthesis (2M) | 源自乌克兰的一家年轻且发展迅速的化合物品牌，产品主要用于高通量筛选和药物发现 |
| 20 | VitasM (2M) | 源自美国的化合物品牌，在香港有发货中心，价格适中 |
| 21 | WuxiLabNetwork (565K) | 源自中国的CRO公司，具有丰富的化合物合成经验 |
| 22 | Menai_Organics (7K) | 源自英国的化合物品牌，具有30多年的化合物供应和服务经验 |
| 23 | Pharmeks (666K) | 源自俄罗斯的化合物品牌，20多年来专门从事高质量新型化合物的合成和供应，用于虚拟筛选 |
3. Pocket Setting
Docking和VSW模块
| 口袋设置方式 | 图标 | 操作方式 | 界面展示 | 注 |
| Select Ligand in the structure as center |
| 点击“Select Ligand in the structure as center”按钮 → 根据3D Workspace窗口显示的配体的所在区域定义对接盒子 → “Cutoff”设置盒子大小 |
| 1）Cutoff处可设置盒子大小，值越大盒子越大 2）Split the ligand and undisplay in result：选中的配体不进入对接任务中，并且结果中也不展示 |
| Select Residues as Center |
| 点击“Select Residues as Center”按钮 → Select Residue Chain ID选框中选择蛋白链名称 → 通过Residue Number（输入残基对应的序号）/3D Workspace窗口/ Sequence Viewer窗口选择氨基酸残基 → “Cutoff”设置盒子大小 |
| 选择对接盒子边缘的残基以定义盒子 |
| Select Pocket from Project |
| 点击“Select Pocket from Project”按钮 → 弹出的Select Pocket from Project窗口中选择历史任务中的盒子 |
| —— |
| Select File |
| 点击“Select File”按钮 → 选择本地文件中的盒子文件 |
| 支持直接上传.txt文件 |
| Input |
| 点击“Input”按钮 → 手动输入盒子参数 |
| —— |
