跳到主要内容

Protein-Protein Interaction

导言​

蛋白质的许多功能涉及到与其他蛋白质的结合，称为蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)，PPIs在生物信号转导、运输、防御等方面控制着许多细胞功能，因此理解蛋白质-蛋白质的相互作用机制对于理解疾病机制至关重要。在本教程中，你将学习使用Hermite®平台的Protein-Protein Interaction模块预测p53TAD-MDM2 [1]的相互作用，理解蛋白和蛋白间的结合模式。


此教程中使用的蛋白-蛋白复合体结构文件：

1YCR_Prep.pdb


1. 创建项目并导入结构​

1.1 登录系统​

import_structure

1.2 创建项目​

  • 进入系统后，创建新项目“p53TAD-MDM2 PPI”

import_structure

1.3 导入蛋白结构​

  • 左侧通用菜单栏 Menu → File→ Import Structure

import_structure

  • 点击Select Files，选择1YCR_Prep.pdb文件，点击Import导入蛋白结构

import_structure


2. 创建Protein-Protein Interaction任务​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏 Menu → Function → Biomacromolecule → Protein-Protein Interaction

import_structure

2.2 Select a Prepared Receptor Protein​

  • 从Structure Hierarchy中选中 “1YCR_Prep.pdb” - Protein - Chain A，点击 OK

import_structure

2.3 Select a Prepared Ligand Protein​

  • 从Structure Hierarchy中选中 “1YCR_Prep.pdb” - Protein - Chain B，点击 OK

import_structure

  • Job Name命名为“p53TAD-MDM2 PPI”，点击Submit提交任务。

import_structure


3. 结果分析​

3.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Job → Job List，找到“p53TAD-MDM2 PPI”计算任务，点击 “Show”

import_structure

3.2 结果展示​

  • 依据3D Interactions类型的标识类型，查看p53TAD (黑色) 和MDM2 (蓝色) 分子间的相互作用。

  • 将p53TAD中参与分子间相互作用的残基以残基名标识。发现p53TAD和MDM2间主要存在Hydrogen Bond和Salt bridge相互作用，稳定了蛋白-蛋白间的结合。

import_structure


4. 参考文献​

[1] Structure of the MDM2 Oncoprotein Bound to the p53 Tumor Suppressor Transactivation Domain. SCIENCE. 8 Nov 1996. Vol 274, Issue 5289. pp. 948-953.

[2] Structural Basis of DNA Recognition by p53 Tetramers. Molecular Cell 22, 741–753, June 23, 2006.