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Antibody Numbering

导言​

抗体人源化的重要先决条件是标准化的编号方法，可以精确定义影响抗体-抗原相互作用的互补的决定区（complementary determining regions, CDR）、框架 (frameworks)以及影响结合亲和力和特异性的轻链和重链的残基（VH residues and VL residues）。

抗体工程方法需要准确鉴定抗体中对其靶抗原的相互作用或亲和力有关键影响的区域。例如，CDR-移植通过改造针对靶抗原的可变区来降低非人抗体的免疫原性，来自框架区的残基也可能对抗体亲和力产生强烈影响。因此，对来自人和非人物种的抗体序列进行详细比对，准确鉴定人和动物免疫球蛋白链中的相应位置是非常必要的。

Hermite平台的Antibody Numbering模块提供了抗体编号的功能，基于三种编号方案（IMGT、Kabat和Chothia），可以方便快速地帮助您完成抗体编号标注。

1IGM是人lgM免疫球蛋白Fv区的三维结构，本教程基于Antibody Numbering模块对1IGM的序列进行抗体编号标注，其序列信息如下：

> Heavy Chain EVHLLESGGNLVQPGGSLRLSCAASGFTFNIFVMSWVRQAPGKGLEWVSGVFGSGGNTDYADAVKGRFTITRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKHRVSYVLTGFDSWGQGTLVTVSSGSASAPTL

> Light Chain DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISNYLAWYQQKPGKAPELRIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQYQNLPLTFGPGTKVDIKRTVAAPSV

1. 使用方法​

1.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu → Function → Biomacromolecule → Antibody Numbering。

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  • 右侧出现Antibody Numbering的操作框（红框内所示），整体界面如下：

import_structure

1.2 操作​

  • Input Sequence：输入抗体的可变区的序列

    • Variable Region of Heavy Chain (VH) 下的序列框中输入抗体重链的可变区序列；

    • Variable Region of Light Chain (VL) 下的序列框中输入抗体轻链的可变区序列。

  • Numbering & CDR Definition，选择定义方式，此处选择Kabat。

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  • Job Name处将该任务命名为1igm_AN。

  • Submit提交任务。

2. 结果分析​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu Job → 找到所需任务。

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2.2 操作​

2.2.1 结果展示​

  • 选择1igm_AN任务，点击Operation列中的Show显示该任务的结果，界面如图所示。
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2.2.2 结果说明​

  • 抗体序列的重链用浅蓝色标记，轻链用浅绿色标记，CDR区用蓝紫色标记。
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