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Similar Molecules Search

导言​

在对化合物进行优化的过程中，或者采取基于片段的药物设计（Fragment Based Drug Design，FBDD）策略时，经常需要在化合物库中搜索相似的化合物，搜索到化合物库中已有的相似化合物可以帮我们预测在研化合物是否有其他靶点及ADME性质等信息，用以后续的研究。

Hermite平台的Similar Molecules Search模块提供了基于化合物片段SMARTS表示的分子搜索功能。配合Hermite平台内置的海量虚拟化合物库，您可以快速地在比较大的化学空间中搜索出包含相同分子片段的分子。

本教程基于Hermite平台的Substructure Search模块搜索Alinda数据库中与化合物结构的分子。

本教程使用的分子：[H]N([H])c1nnc(c(n1)-c1c([H])c([H])c([H])c([H])c1[H])-c1c([H])c(nc(c1[H])C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] ，简称4g。

1. 使用方法​

1.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Function → Molecule Recommendation → Substructure Search。

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  • 右侧出现Substructure Search的操作框（红框内所示），整体界面如下：

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1.2 操作​

1.2.1 上传配体结构​

  • 点击Select from SMILES选框 → 弹出Import SMILES界面 → 输入分子 → 点击OK。

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1.2.2 选择数据集​

  • 点击From Database选框 → 弹出Select Ligands界面 → 选择所需分子数据库（可复选）→ 点击OK。

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1.2.3 设置​

  • Setting中Similarty Threshold设定为60，其余选项保留默认设置；

  • 勾选Ligand Filter下的筛选条件，参数为默认参数；

  • Job Name处命名该任务为Similar Molecules Search；

  • 点击Submit提交任务。

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2. 结果分析​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu Job → 找到任务Similar Molecules Search → 点击Operation列中的Show查看该任务的结果。

  • 显示界面如右图。

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2.2 结果展示与下载​

筛选出10个分子与小分子4g相似且符合我们设定的参数。

点击右上角符号展开结果列表，检查结果信息：

Ligand Name：分子名称；

2D：分子二维图像；

Molecular Weight：分子质量；

Lipid-Water Partition Coefficient：脂水分配系数；

Number of H-Bond Donors：确定氢键供体数目；

Number of H-Bond Acceptors：确定氢键受体数目；

Number of Rotatable Bonds：确定可旋转键数目。

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  • 根据搜索出的分子结构和性质信息，展示及下载所需分子：

    • 勾选IBS-L0055198复选框，点击下方3D View，分子显示于3D Workspace窗口。

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  • 点击右上角Download → 弹出Download界面，选择Filter信息 → 点击Submit。

    • Download Link窗口闪烁，左侧灰色部分提示“Link is preparing”，点击OK。

    • 点击Download Link → 弹出Download Link界面 → 点击URL下的链接下载结果数据。

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