动态与公告
【重磅发布】新版FEP上线
发布时间：2025-2-5
本次FEP更新包括：
- 界面升级
- 全新FEP界面设计：专注于FEP体系构建、任务 管理、结果分析与文件下载的操作体验，布局更简洁明晰。
- 原子映射总览页面：以2D图形直观展示所有分子对的原子映射关系，支持快速检阅和编辑。
- FEP任务管理优化：以分子对为单位管理与追踪模拟进度，并提供更直观的结果分析界面。
- 项目文件管理页面：集中呈现所有项目关联文件，支持快速定位与一键下载。
- 功能升级
- 蛋白合规性检查：自动检测蛋白力场参数、残基位置、键长、键角、二面角及共平面合理性，确保体系参数可靠。
- 氨基酸质子化状态优化：自动检测可质子化位点，并根据预测pKa值给出建议；用户可在界面中直接修改氨基酸的质子化状态。
- 细胞膜环境搭建：支持在线构建蛋白膜体系，为膜蛋白相关研究提供便捷工具。
- 配体合规性检查：自动检测配体力场参数、键级、质子化状态、空间冲突和距离合理性，提升配体准备的精确度与可靠性。
- 分子叠合增强：结合限制性对接（Constraint Docking）与基于形状的叠合（Shape-based Alignment），并支持手动定义最大公共子结构，实现更高质量的叠合效果。
- 小分子力场优化：支持在线对小分子二面角参数进行扫描与优化，以提升力场精度。
- 分子相似性计算优化：通过三维叠合的相似度计算，更准确地评估分子对计算难度。
- 微扰计算图构建优化：采用强化的Lomap-Opt算法构建更合理的微扰计算图。
- 星状微扰计算图构建：一键基于特定中心分子构建星状微扰计算图，加速路径规划。
- 原子映射构建优化：基于三维叠合的原子映射策略，提供更稳健的模拟条件与结果。
- 2D框选原子映射编辑：用户可在2D图形界面中精确选择需映射或取消映射的原子区域，提高编辑效率。
- FEP任务续算功能：对未充分收敛的FEP任务，可延长模拟时间续算，确保结果更为可靠。
- FEP结果分析报告自动生成：自动输出包含收敛性指标、能量分布及关键计算结果的详细报告，便于结果解读与后续决策。
- 算法升级
- 底层引擎切换至OpenMM：提升整体计算稳定性与性能表现。
- 计算速度提升：较旧版本运算速度提高2倍以上，加快项目迭代周期。
- 力场准备强化：针对复杂小分子体系的参数化更为稳健，结果更为可信。
- 收敛性改进：在大极性基团变化和电荷差异较大的体系中显著提升收敛性能。
- 计算鲁棒性增强：在各种复杂体系下保持更高的稳定性和一致性。
- 动态Lambda分配：智能调配16至24个Lambda状态，提升计算精度与效率。
- Core-Hopping精度提升：在Core-Hopping体系中表现更优，提高路径处理的高效性与准确性。
- 采样策略升级：添加了MC/MD使得环翻转体系表现提升；添加了GCMC使得深埋水体系表现提升。
- 小分子力场参数动态优化：基于DPA-2的二面角参数优化，进一步提升计算精度。
【重磅发布】Hermite 2.0.0上线
发布时间：2024-1-30
本次更新为2.0.0，包括：
- 虚筛计算的精度和速度提升
- 提供Uni-Clip(蛋白-配体对比学习筛选工具)快速筛选掉非阳性分子
- 提供Uni-Mol优化对接后分子的Pose
- 针对对接后的Pose提供多种打分函数进行Rescore，帮助用户更全面判断Pose的合理性
- 虚筛结果提供详细的蛋白-配体相互作用信息，并提供更灵活的结果筛选能力
- 虚筛相关功能完善
- Protein Preparation增加按照体系内Cofactor控制其周围水分子的能力
- Protein Preparation可修复体系内的二硫键
- Ligand Prep支持.smi格式
- Ligand Prep强化对含大环配体和多肽的采样能力
- Ligand Prep可以针对特定的手性中心生成异构体
- Entry可支持文件数达到万级别
- 3D窗口加载速度大幅提升，增加若干提升操作便利性的功能，比如：一键聚焦到配体，自由框选3D内容等
【产品更新】增加若干小分子药物设计模块；优化使用体验
发布时间：2023-8-31
本次更新为1.1.1，包括：
- 新增小分子药物设计相关模块
- Similar Molecules Search：基于多种手段生成查询分子的分子指纹，匹配其和目标分子间的相似性。
- Substructure Search：基于子结构的SMARTS匹配目标分子相同的部分。
- Compound Clustering：可以根据分类数将性质相似的分子聚集到一类中。
- Maximum Common Substructure：寻找目标分子中的最大公共子结构。
- Binding Stability：对蛋白-小分子复合物进行3ns的全原子模拟以评估Binding Site的稳定性。
- 新增Loop Optimization模块：提供了对蛋白柔性loop结构的构象进行优化的功能。
- Merge：可以将蛋白文件和小分子文件合并。
- Export：可以将Hermite内的蛋白和小分子文件导出。
- 优化2D体验，提升重复元素绘制的便利性。
- 优化3D结果视觉，加强3D界面的立体感和Interaction的辨识度。
【重磅发布】Hermite 1.1.0上线
发布时间：2023-5-27
本次更新为1.1.0，包括：
- 新增大分子药物设计相关模块
- Protein-Protein Docking：基于快速傅里叶变换（FFT）算法的蛋白-蛋白刚性对接工具。
- Sequence Alignment：基于多序列比对算法（MSA）的蛋白质序列比对工具。
- Antibody Numbering：基于抗体编号系统（支持：IMGT、Kabat、Chothia），对抗体序列的CDR区域进行标注的工具。
- Antibody Humanization：基于数据库和统计模型，对抗体进行人源化改造的工具。支持CDR区标记和移植，人源抗体，并提供图形化功能进行抗体人源化改造。
- Antibody Properties：基于数据库和统计模型，对抗体的可开发性（包括：粘度、聚集性、清除率、等电点、消光系数等）进行评估的工具。同时支持对抗体可变区（Fv）进行结构建模。
- Nanobody Properties：基于数据库和统计模型，对纳米抗体的可开发性（包括：聚集性、清除率、等电点等）进行评估的工具。
- PTM Prediction：基于人工智能算法，对蛋白质翻译后修饰（PTM）位点（例如：磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化等）进行预测的工具 。
- AI Protein Mutation：基于人工智能算法，融合蛋白质结构和动力学信息等多模态特征，快速预测蛋白质突变前后热稳定性差异的工具。
- Protein Alignment：对蛋白质结构进行3D叠合（根据：backbone，Ca，sidechain）的工具，并支持多个蛋白结构的叠合操作。
- 新增FEP Protein Mutation模块：在FEP计算过程中，支持蛋白中的氨基酸发生Alchemical Transform变化，精确计算点突变对蛋白质性质的影响（目前仅开放了预测突变前后蛋白热稳定性差异的功能）。
- 新增VD-Gen模块：基于虚拟动力学(Virtual Dynamics)人工智能算法，依赖蛋白口袋的分子从头设计功能。
- 新增Uni-QSAR模块：基于人工智能（深度学习，机器学习）多种模型联合的定量构效关系（QSAR）建模和预测工具，并在分子1D和2D描述符的基础上，加入了基于分子3D结构预训练模型（Uni-Mol）的全新3D分子描述符，大大提高了QSAR模型的准确性。
- 新增小分子3D结构编辑能力：支持对.sdf/.mol文件存储的小分子结构进行3D编辑。包括：新增/修改原子，加减键，调整键级和二面角，对小分子补氢和小分子能量最小化。
【产品更新】FEP支持电荷，Docking和Aquasite结果优化
发布时间：2023-5-19
本次更新为1.0.8，包括：
- FEP更新：
- 针对存在净电荷变化的Pair，进行了深度升级，并优化了操作流程；会根据Pair的情况，自动选择相应的计算流程，极大提高了分子改造前后存在净电荷变化情况下FEP计算结果的准确性
- 优化了FEP计算的准 备流程，当用户进行过多次Alignment操作时，允许选择历史任务中Alignment的结果进行后续微扰图的构建
- Aquasite算法重大更新，提高了计算精度；同时在结果展示时，提供了更详细的能量分解信息（ΔH，-TΔS，ΔG），帮助用户更好判断预测水分子的活性，并优化其结果的可视化体验
- 优化Docking结果的可视化体验
- 提升了3D交互界面的灵活性，支持用户对Atom和蛋白的Ribbon模型进行更自由的染色操作
【产品更新】提示使用推荐浏览器，强化上传文件格式限制
发布时间：2022-11-29
本次更新为1.0.4版，包括：
【产品更新】优化新用户引导
发布时间：2022-11-15
本次更新为1.0.2版，包括：
- 强化新用户初始导入文件的引导
- 提升连边数多时的微扰图响应速度
- 其他若干体验优化
【产品更新】增加用户数据授权机制，更新配体数据库等
发布时间：2022-11-11
本次更新为1.0.1版，主要包括：
- 增加用户数据授权机制，便于在用户的允许下给用户更为专业的计算建议
- Docking支持筛选1200万可及配体库
- 支持Entry改名联动Hierarchy
- 任务计算完成提示优化：成功后提供快捷结果展示，失败后提供快捷下载Log
【重磅发布】新版Hermite上线
发布时间：2022-10-29
本次更新为1.0.0版，主要包括：
- 视觉和可视化全新体验
- 全窗口体验升级，更美观，更统一，最大化主体操作区域
- 结构化筛选分子，多样化的2D、3D展示
- 支持2D编辑
- 跨窗口的智能协作，支持窗口间联动，让3D视窗内元素的管理变得灵活而高效
- 常驻功能窗口管理，支持不同功能灵活切换，帮助用户高效并行处理任务
- 计算功能新增与优化
- Protein Preparation支持能量最小化
- Protein Folding同时支持.fasta录入序列和直接录入序列
- 支持新功能Antibody Folding，根据轻链和重链的序列进行抗体结构预测
- EM Structure Fitting支持结果按原子显示置信度
- Ligand Preparation支持多维度的配体筛选，并且可以生成多种类的同分异构和构象
- 基于GPU加速的Docking上线，相比CPU版本加速超1600倍
- Docking支持使用历史任务的参数快捷完成设置，简化流程，支持三种搜索精度Fast、Balanced、Detailed，降低Docking的使用门槛；提交任务前即可预估算力费用，使用上更快更安心
- 支持新功能MM PB/GBSA，可衡量配体和靶点中各个残基的亲和能力
- 支持Virtual Screening Workflow，整合Protein Preparation、Ligand Preparation、Docking和MM PB/GBSA，一站式完成超高通量虚筛
- 支持新功能Induced Fit Docking，蛋白和配体发生柔性对接，更符合药物设计场景；同时，支持药效团确定柔性残基，可视化定义结合位点
- FEP升级
- 支持跨计算任务的分析结果，可以灵活使用历史计算的Pair进行组合分析
- 微扰图视觉体验升级，支持用户灵活选择历史任务以构建最有利于分析的微扰图
- 优化微扰图生成，相似度低的分子无法连边
- 优化Mapping默认算法，相似度低的基团不会连线
- 支持新功能Aquasite，计算分析靶点口袋处水分子分布与稳定性
- 通用功能升级
- 项目可调用全部功能，打破原有Normal、Fold、FEP三个项目类型的限制
- 全功能选择文件的方式更加灵活：从3D窗口选择、从历史项目选择、直接上传
- 常驻任务管理入口，支持随时跨项目查看任务的运行结果