Molecule Edit/Draw

1. 前言

Hermite平台提供分子二维和三维的编辑功能，可通过3D Editing工具完成分子的三维编辑及画图，通过2D Workspce窗口完成分子的二维编辑及画图。

2. 分子导入

• 左侧通用菜单栏Menu → File → Import Structure → 弹出的Import Structure操作界面中点击Select Files上传本地分子文件 → Import。

  • 支持导入.mol、.sdf、.pdb格式文件；

  • Show in the 3D Workspace：分子展示于3D Workspace窗口中；

  • Replace Workspace：以上传的分子文件替换当前的3D Workspace窗口的显示文件；

3. 3D Editing

3.1 分子文件新建

• 当界面中无分子时，在3D Workspace窗口中的工具栏中点击3D Editing → 弹出Select Entry操作界面 → 点击 + New Entry → 重命名 → 点击OK → Entry List窗口中显示创建的分子文件，3D Workspace窗口左上角出现3D Editing操作界面。

3.2 3D Editing操作

• 在进行3D Editing操作之前，建议首先通过3D Workspace上方的工具栏Pick Element调整为Atom，以便于后期的分子编辑。

操作名称	图标	操作前	操作后	备注
Undo		——	——	撤销操作
Redo		——	——	恢复上一次操作
Delete Atoms
Delete Bond
Add Bond
Rotate
Increase Bond Order
Decrease Bond Order
Increase Charge
Decrease Charge
AddHs
Energy Minimized
Edit
Drag

• 原子类型更改：通过点击3D Editing操作界面左下角的下拉箭头，出现如下信息：

• 点击右下角展开元素周期表，可选择所需原子进行操作。

4. 2D Workspace

4.1 入口

• 左侧通用菜单栏Menu → Window → 2D Workspace。打开界面如图所示。

4.2 通用工具栏

• Import SMILES：点击Import SMILES → 弹出Import SMILES操作界面 → 输入分子的SMILES表达式 → Import。

• Export SMILES：点击Export SMILES，导出分子的SMILES表达式。

  • 注：导出结果输出在剪切板上，在任意可输入界面（如文本文件、对话框等）使用快捷键Ctrl+V即可。

• Undo：撤销操作。

• Redo：恢复上一次操作。

• Copy：复制结构；

• Paste：粘贴结构。

• Delete：界面中不选择任何分子时，点击Delete则为清除该界面的所有分子；当框选界面中的个别片段/分子时，点击Delete则删除选中的片段/分子。

框选删除前	框选删除后

• Save as New Entry：将当前分子存为新Entry，存好的分子在3D Workspce窗口中以3D形式显示出来，显示界面如右图。

4.3 绘图工具栏

图标	含义	操作	效果	备注
	键（单/双/三键）	单键：点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 鼠标拖拉至一定位置停止； 双键：点击图标 → 在单键处点击则该单键变成双键； 三键：点击图标 → 在双键处点击则双键变成三键。
	烃链	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 鼠标拖拉至一定位置停止
	Fisher投影式（朝纸面以外）	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 鼠标拖拉至一定位置停止
	Fisher投影式（朝纸面以内）	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 鼠标拖拉至一定位置停止
	质子化	点击图标 → 在原子处悬停 → 点击
	去质子化	点击图标 → 在原子处悬停 → 点击
	原子类型	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击		右下角图标点击，展开元素周期表可供选择。
	环己烷	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击
	环戊烷	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击
	苯环	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击
	吡咯	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击
	环丙烷	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击
	规范化	点击图标 → 在画板空白处或原子处悬停 → 点击	前： 后：