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PTM Prediction

导言​

蛋白质翻译后修饰（Post-translational modification，PTM）是指在蛋白质翻译完成之后，对蛋白质进行修饰的一系列过程，包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、脂质化和蛋白水解。这些修饰过程对于蛋白质的稳定性、亚细胞定位、活性调控和信号传导等方面具有重要意义。

Hermite平台的PTM Prediction模块 提供了基于蛋白序列的蛋白质翻译后修饰预测的功能。借助Hermite平台友好的操作界面、优化的算法和灵活的云计算资源，您可以方便快速地获得蛋白质翻译后修饰的预测信息。

本教程所需文件如下：

PTM.fasta

1. 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu → Function → Biomacromolecule → PTM Prediction。

import_structure

  • 右侧出现PTM Prediction的操作框（红框内所示），整体界面如下:

import_structure

2. 操作​

  • Import Sequence：点击 Fasta File，选择本地文件PTM.fasta，确认后上传的序列信息自动显示于PTM Prediction窗口。

import_structure

  • Select PTM Properties：选择All；

  • Job Name处将该任务命名为PTM；

  • Submit提交任务。

import_structure

3. 结果分析​

3.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu Job → 找到任务PTM → 点击Operation列中的Show显示该任务的结果，界面如图所示。
import_structureimport_structure

3.2 结果展示​

  • PTM Prediction Result界面给出了不同PTM类型的颜色标注情况。

  • 勾选All则展示所有的PTM类型，并且在序列中以对应颜色标注。

  • 鼠标悬停至彩点标注的氨基酸残基处，显示该残基可能发生的蛋白质翻译后修饰类型和预测值。

    例：Q96RR4的第7位氨基酸可能发生O-联接的糖基化修饰。

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  • Download：直接点击右侧Download，下载所有输入序列的PTM预测结果文件，包含输入的序列（.fasta格式）、PTM预测结果（.csv格式）。

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