Ligand Preparation
简介
在进行小分子药物的设计过程中，确定化合物准确合理的结构和构象，是进行后续计算分析的基础。
Hermite平台的Ligand Preparation模块提供了小分子结构处理功能。包括：分子性质过滤、同分异构体和构象生成、确定可电离基团的质子化状态等功能。
本教程基于Hermite平台的Ligand Preparation模块对如下配体进行配体准备。
1. 配体准备
1.1 导入及检查配体文件
左侧通用菜单栏 File → Import Structure。
弹出“Import Structure”窗口，点击“Select Files”，选择本地的“9ligands.sdf”文件，点击“Import”，将文件导入3D Workspace中进行查看。
1.2 配体准备入口
左侧通用菜单栏 Function → General → Ligand Preparation
1.3 Select Ligands
点击“File”按钮，上传本地文件“9ligands.sdf”。
注：更多配体选择方式的操作说明，详见《蛋白及配体选择、口袋设置》。
1.4 同分异构体及构象的生成
勾选“Generate Isomers”，在生成数处填入4，为每个配体生成4个同分异构体；
勾选“Possible Protonation States”，保留默认参数；
“Conformation”处，选择“Generate Conformations”，生成数处填入8，为每个配体的每种同分异构体生成8个构象。
| 参数 | 含义 | 注 | |
| Generate Isomers | Chiral Isomers | 生成手性异构体 | 1）手性中心需少于5个； 2）打开按钮 “Retain specified chiralities(vary other chiral centers)”，即保留特定的手性(改变其他手性中心) |
| Cis-/Trans- Isomers | 生成顺反异构体 | ||
| Generate isomers (per ligand) | 确定每个配体生成多少个同分异构体 | 生成的同分异构体数*生成的构象数需不超过100 | |
| Possible Protonation States | 选定pH值范围，确定质子化环境 | —— | |
| Conformation | Retain Original Conformation | 保留原构象 | 确保输入的配体包含结构信息（SMILES无结构信息，因此建议选择“Generate Conformation”生成构象） |
| Generate Conformations | 生成新构象 | 生成的同分异构体数*生成的构象数需不超过100 | |
| Sample ring conformations | 环采样 | 当输入配体为大环体系（一般为九元环以上的体系）、多肽体系（一般为10个氨基酸以上的多肽）时，建议勾选该选项 |
1.5 配体过滤及任务提交
Fliters Setting：根据化学性质的取值范围过滤配体，此处不设置；
点击“Submit”提交任务。
| 化学性质 | 含义 |
| Molecular Weight | 分子质量 |
| Lipid-Water Partition Coefficient | 脂水分配系数 |
| Number of Hydrogen Bond Donors | 氢键供体数目 |
| Number of Hydrogen Bond Acceptors | 氢键受体数目 |
| Number of Rotatable Bonds | 可旋转键数目 |
2. 配体准备结果查看
2.1 任务查看入口
左侧通用菜单栏Job → 找到“Job ID”为167861的任务 → 点击“Operation”列中的“Show”展示该任务的结果。
2.2 结果列表
放大结果列表，查看生成的配体，列表中包含如下信息：
| 列名 | 含义 |
| Original Ligand | 原始配体2D图及其名称 |
| Generated Ligand | 生成配体2D图及其名称 |
| Isomer | 同分异构体类型 |
| MW | 分子质量 |
| LogP | 脂水分配系数 |
| HBA | 氢键受体数目 |
| HBD | 氢键供体数目 |
| ROTB | 可旋转键数目 |
Advanced Search：根据五种化学性质筛选出配体并展示于结果列表中；
Operation列下的操作：
3D：点击该按钮将该配体及其构象展示于3D Workspace中；
Download：点击该按钮下载该配体及其构象的sdf文件；
可使用左上角“Ligand”和“isomer”筛选出相应配体或同分异构体并展示于结果列表中。
2.3 配体结构查看
配体15722生成了反 式异构体，查看该配体：点击名称为“15722”的配体右侧的“3D”，将该配体展示于3D Workspace窗口中。
碳-碳单键两侧连接的吡啶和亚胺基形成共轭，导致碳-碳单键不可旋转，因此可生成顺反异构体。
