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Protein Preparation

1. 前言​

完整、合理的蛋白质结构文件，是进行蛋白质性质分析、以及其他CADD计算（如：活性位点预测、Docking等）的起点。

Hermite平台的Protein Preparation模块提供了蛋白质结构处理功能，包括：结构选择、补全缺失的残基和侧链、确定极性残基的质子化状态、优化氢键网络等功能。

2. 使用方法​

2.1 入口​

左侧通用菜单栏Menu → Function → General → Protein Preparation

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右侧出现Protein Preparation的操作框（红框内所示），整体界面如下：

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2.2 操作​

2.2.1 导入蛋白​

导入蛋白质有4种方式：

1）Select from 3D Workspace：从图形化组件中选择蛋白。
3D Workspace中只支持蛋白分子级别的选择；可以在Hierarchy中选择（联动3D）。

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2） Select from Project：从历史项目中选择蛋白。

在弹出的Select from Project操作界面中，可通过 Search Name/ID 按文件名称和ID搜索文件，支持限定类型（Type）选择蛋白文件。

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3） Select File：上传本地蛋白文件，支持.pdb格式。

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4） Get PDB：以PDB号索引并上传蛋白文件。

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2.2.2 保留选项​

Select Polymer to Keep：选择需要保留的链。

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Confirm Alternative Position：选择可变的氨基酸残基位置，默认跳过。

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Select Water(s) to Keep：选择需要保留的水分子。

Keep Water(s) around Hetatms：选择保留非蛋白分子周围的水分子，距离范围可更改。

Keep All Water(s)：保留全部的水分子。

Delete All Water(s)：删除全部的水分子。

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Select Other Group to Keep：选择需要保留的其他组分。

点击Operation栏下对应的按钮可在3D workspace上Focus到对应的分子。

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2.2.3 修复缺失残基及蛋白准备设置​

Select Missing Residues to Repair​

可以根据.pdb文件内的序列相关数据来进行修复；

如点击“Fill Missing Residue”，可以选择上传.fasta文件对缺失的信息进行修复。

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Prepared Settings​

Add Missing Side Chains：添加缺失侧链；

Add Hydrogens：加氢；

Modify Protonation State：调节蛋白质环境pH，使蛋白质达到该pH下的质子化状态；

Optimize Hydrogen Bonding Network：优化氢键网络；

Energy Minimization：能量最小化。

任务命名及提交​

Job Name：对该任务进行命名。

Submit：提交任务。

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3. 结果分析​

3.1 入口​

左侧通用菜单栏Job → 找到该Protein Preparation Job。

可以通过搜索Job Name找到该任务，也可以通过Job Type的筛选找到。

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3.2 结果展示​

选择需要查看的任务，点击Operation列中的Show显示该任务的结果，界面如图所示。

经过处理的蛋白，会展示在3D Workspace区域。

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