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EM Structure Fitting

1. 前言​

近年来，伴随着冷冻电子显微镜（cryo Electron Microscopy，cryo-EM）技术在硬件和算法方面取得的一系列的突破，cryo-EM技术的适用性和结果分辨率得到了稳定改进，已成为结构生物学领域重要的研究工具。在对cryo-EM数据进行处理的流程中，利用重构的三维密度图对生物分子进行建模，并进一步优化原子坐标是十分重要的环节。

Hermite平台的EM Structure Fitting模块提供了基于cryo-EM密度图的全原子结构模型柔性搭建功能。借助Hermite平台友好的操作界面、优化的算法和灵活的云计算资源，您可以方便快速地获得与密度图相吻合的高质量cryo-EM分子结构模型。

2. 使用方法​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Function→Structure Modeling→EM Structure Fitting

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  • 右侧出现EM Structure Fitting的操作框（红框内所示），整体界面如下：

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2.2 操作​

  • 上传电子密度图

    • 最大支持200M（上传大文件会有较长载入时间，请耐心等待）；支持 .mrc和 .ccp4格式文件。

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  • 选择蛋白结构支持三种方式，如下：

  • （1）Select from 3D Workspace：选择已导入本任务中的蛋白结构。具体步骤为：点击Select from 3D Workspace图标后出现Select Structure界面→左侧Structure Herarchy中选中蛋白结构//3D Workspace窗口中选中蛋白结构→右侧Select Structure界面中点击OK。

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  • （2）Select from Project：选择历史项目中的蛋白结构。步骤为：点击Select from Project图标后出现Select from Project界面→Select from Project界面中选择所需蛋白结构→点击OK。

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  • （3）Select File：点击Select File图标可导入本地蛋白结构文件，支持 .pdb 格式文件。

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  • Do Alignment：该选项对输入的结构与电子密度图进行比对，建议勾选Do Alignment。

  • 在"Job Name"处命名该任务。

  • 点击“Submit"提交任务。


3. 结果分析​

3.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu Job → 找到所需任务。

  • 可以通过搜索Job Name找到该任务，也可以通过Job Type的筛选找到。

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3.2 结果展示​

  • 选择需要查看的任务，点击Operation列中的Show显示该任务的结果，界面如图所示。

  • 左侧Entry List内为导入的任务结果，可通过调节小眼睛的开与闭实现结果的显示与不显示，小眼睛打开时则为显示。

  • 建议通过点击右侧Ribbon图标关闭Secondary Structure。

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  • 鼠标在某个氨基酸残基处悬停，出现置信度信息。

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