跳到主要内容

Sequence Alignment

1. 前言​

序列比对是一种将两个或更多的生物学序列（蛋白序列、核苷酸序列）进行比较的方法，可帮助我们了解这些序列之间的相似性，以及在进化过程中它们如何发生变化。序列比对是许多生物学研究领域中的常用工具，包括基因组学、进化生物学、医学和生物技术等领域。

Hermite平台的Sequence Alignment模块提供了蛋白序列比对的功能，并且支持多序列比对。

2. 使用方法​

2.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu → Function → Biomacromolecule → Sequence Alignment。

import_structure

  • 右侧出现Sequence Alignment的操作框（红框内所示），整体界面如下：

import_structure

2.2 操作​

  • Import Sequence：输入序列，有两种方式：

    • 在Sequence框内输入序列，对于3条及以上序列的多序列比对，点击Add Sequence添加输入框，并在输入框中输入序列，且支持修改Sequence名称；

    • 支持 .fasta格式的文件上传。

    注：输入的单条序列长度需低于2000，且只支持标准氨基酸。

import_structure

  • Job Name处对该任务进行命名。

  • Submit提交任务。

3. 结果分析​

3.1 入口​

  • 左侧通用菜单栏Menu Job → 找到所需任务 。

  • 可以通过搜索Job Name找到该任务，也可以通过Job Type的筛选找到。

import_structure

3.2 操作​

3.2.1 结果展示​

  • 选择需要查看的任务，点击Operation列中的Show显示该任务的结果，界面如图所示。
import_structureimport_structure

3.2.2 结果说明​

  • 通过勾选Hydrophobic、Polar Uncharged、Positively Charged、Negatively Charged、Special, 可以标注疏水性氨基酸（绿色）、不带电荷的极性氨基酸（紫色）、带正电氨基酸（蓝色）、带负电氨基酸（红色）、特殊氨基酸（黄色）。

import_structure

  • Download .fasta File 下载经过序列比对后的序列的 .fasta格式文件，文件内容如图。

import_structure